因东莞人力资源素质差异和管理者管理水平差异，导致部门之间整体绩效水平的差异，管理者对下属和员工对自身的要求不同将影响绩效考核的结果。

管理者在绩效考核中如果不能正确处理这种差异，会影响绩效考核的公正性、公平性，产生如下后果：

（1）整体绩效相对优秀的部门主管为了维护本部门员工的积极性和相对公平性，可能采取一些方法缩短与部门平均绩效的差距，从而降低对部门员工的工作标准要求，这样会使员工失去追求更高目标的热情和动力。

（2）部门绩效较差的员工因薪酬水平和部门绩效高的员工无差异，考核结果对其未形成压力，因此就不会主动改进绩效，提高绩效水平。

（3）员工思考和处理问题时只从自身利益出发，缺乏大局观念和全局观念。

二、部分部门工作绩效效益不能从员工工作绩效中反映，而在部门绩效中得到反映，尤其是那些需要部门整体合作才能完成的工作。

如果只对员工绩效进行考核，会掩盖部门、组织的工作，员工就会忽视对部门、组织的责任感和缺乏整体观念。所以，如何正确处理部门绩效与员工绩效的关系，特别当员工绩效和部门绩效生冲突时，二者绩效的合理评价和密切结合是解决问题的关键。